La Archicofradía tuvo su nacimiento a instancias del Padre Salvaire quien promovió la idea entre las damas de Luján, pero su muerte en febrero de 1899 no le permitió verla realizada. Fue establecida canónicamente por el Obispo Don Mariano Antonio Espinosa, según el Auto de S.S. Ilustrísima, de fecha 17 de octubre de 1899, en virtud del Breve de León XIII, “Por las presentes y en virtud del Breve de N.S.S. Padre León XIII, del 20 de julio del presente año, para mayor Gloria de Dios y honra de la Santísima Virgen, declaramos conónicamente erigida esta Archicofradía de Nuestra Señora de Luján en el Santuario de su nombre de esta Diócesis, pudiendo ganar las Indulgencias y agregar las Cofradías de toda la República Argentina que lo solicitaren conforme a dicho Breve”. Conforme a las Concesiones Pontificias, el Objeto de la Archicofradía fue ponerse bajo la protección y amparo de María Inmaculada, bajo la advocación de Nuestra Señora de Luján, y promover, fomentar y perpetuar el culto de tan poderosa protectora, haciendo que Nuestra Señora extienda su protección y favores sobre las personas y familias de las tres Repúblicas hermanas y recolectar fondos entre sus asociados o por medio de propaganda para la obra de la Basílica Nacional hasta su terminación. En el reglamento de esta Archicofradía Primaria se delineó la forma de gobierno, el modo de realizar las elecciones de los consejos, como se podían agregar nuevas parroquias con las condiciones de admisión, y las prácticas piadosas.

También se describieron las Insignias que llevarían sus socias y el Estandarte que las presidiría. En 1930 Mons. Alberti, Obispo de La Plata por Auto del 1º de noviembre de 1929 ordenó se funde en todas las Parroquias y Capellanías Vicarias en donde no existiese, la Cofradía de Nuestra Señora de Luján uniéndola a la Obra de las Vocaciones Eclesiásticas y publicó un “Reglamento de la cofradía de Nuestra Señora de Luján y de la Obra de las Vocaciones Eclesiásticas”. El 1 de junio de 1940, Mons. Anunciado Serafini, segundo Obispo de la entonces recientemente fundada Diócesis de Mercedes, publicó un Auto por el que puso en vigencia un nuevo reglamento de la Cofradía de Nuestra Señora de Luján. En sus más de cien años, la Archicofradía se ocupó de propagar el culto a la Santísima Virgen en la advocación de Nuestra Señora de Luján, a través de la difusión de La Perla del Plata y recaudó dinero para las obras del Santuario. En 1904 donó dinero para la escalera del Camarín y en el año 1905 donó el dinero para una columna grande en el nuevo Santuario; desde 1922 comenzaron a ayudar a personas necesitadas y a pagar sepelios de pobres, así como a la creación del Seminario Conciliar de la Diócesis; participó de la organización de la primera procesión naútica y con Mons. Serafini, hicieron conocer a la Virgen en todas las parroquias del país, comenzando un itinerario que atravesó todo el país y países vecinos. En 1954 el P. Guerault llevó el Estandarte a Roma y Pío XII después de bendecirlo le entregó una medalla que luce actualmente. Las obras de caridad continuaron así como el aporte para obras en el Santuario, citemos la reforma del altar mayor y la rampa para discapacitados, la construcción del salón de la Capilla San José y contemporáneamente la publicación de estampas para distribuir entre los peregrinos y la confección de ornamentos litúrgicos para el Santuario.